What’s Up | Microbiote & Santé – Episode 2/2

Samuel Chaffron est bioinformaticien et chercheur CNRS au Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes (LS2N), CNRS, Université de Nantes, dans l’équipe COMBI. Auparavant, il était post-doctorant FWO (Research Foundation Flanders) dans le groupe du Prof. Jeroen Raes au VIB, VUB et KU Leuven. Il est titulaire d’un doctorat de l’Université de Zurich obtenu en travaillant dans le groupe du Prof. Christian von Mering.

Ses travaux de recherche se concentrent sur la compréhension de la structure et la diversité des communautés microbiennes à différents niveaux d’organisation (des gènes aux espèces, aux communautés et écosystèmes) en intégrant l’information ‘omique’ par des approches de la biologie des systèmes au sein d’habitats variés, du tractus intestinal aux océans. Il utilise principalement la (méta)génomique comparative couplée à des approches d’écologie des systèmes pour comprendre les règles d’assemblage des communautés naturelles au niveau fonctionnel. Il conçoit et construit aussi des modèles informatiques et outils bioinformatiques pour développer une connaissance prédictive et dynamique des fonctions des communautés microbiennes par la modélisation métabolique. Ces approches ont pour but d’acquérir une compréhension mécanistique des interactions entre espèces et du fonctionnement des écosystèmes microbiens en nous et autours de nous.